Jakobsmuscheln sollten möglichst frisch sein und gut gekühlt gelagert werden. Zunächst werden sie unter kaltem Wasser abgespült, um Sand und Schmutz zu entfernen. Anschließend öffnet man die Schale vorsichtig mit einem Messer, indem man zwischen die beiden Schalenhälften fährt und den Schließmuskel durchtrennt. Die obere Schale wird abgenommen.
Danach wird die Muschel aus der unteren Schale gelöst. Der weiße Muskel ist der essbare Hauptteil. Der orangefarbene Rogen kann je nach Geschmack ebenfalls verwendet werden. Dunkle oder weiche Bestandteile wie der Magen werden entfernt, da sie nicht zum Verzehr geeignet sind.
Zum Schluss werden die vorbereiteten Jakobsmuscheln noch einmal kurz abgespült und mit Küchenpapier trocken getupft. Anschließend sind sie bereit für die weitere Zubereitung, zum Beispiel zum Braten oder Grillen.